En la Costa Rica de la segunda república se había impulsado  la educación media a través  de la creación de centros de enseñanza secundaria y la universalización del acceso a la educación hasta el III ciclo de la Educación General Básica, sin embargo existía un vacío en la formación académica para docentes que atendían esta población. De este modo, durante la administración presidencial de José Joaquín Trejos Fernández (1966-1970),  siendo ministro de educación don Guillermo Malavassi, se impulsó la creación de la Escuela Normal Superior de Costa Rica que se ocuparía exclusivamente de la formación de docentes para la enseñanza secundaria. Así surgió el proyecto para la creación de la Escuela Normal Superior de Costa Rica, sin embargo, la Universidad de Costa Rica mostró su oposición al mismo, ya que consideraba que podía cubrir la demanda en la formación de docentes para secundaria. Ante esta situación se optó por crear la institución vía decreto ejecutivo, la decisión fue objetada por el Partido Liberación Nacional que representaba la oposición en el congreso legislativo, pues alegaba que se requería una ley que diera sustento jurídico a la institución. El 27 de setiembre de 1968, mediante la Ley 4002, se fundó en Heredia la Escuela Normal Superior como dependencia del Ministerio de Educación Pública, así se constituye una institucional docente de educación superior con tres objetivos claros: la formación de docentes para la enseñanza media, capacitación de docentes en ejercicio y el perfeccionamiento y capacitación de especialistas según las necesidades educativas de la época y se estableció una vigencia de 8 años. Sin embargo, a finales de 1972, se dio el cierre ya que se consideró que había cumplido el objetivo en la formación y capacitación de docentes para secundaria.

El ministro de educación don Uladislao Gámez Solano, tuvo la idea de la creación de una Universidad Pedagógica que unificaría la formación y capacitación de docentes y se constituiría en un Sistema Nacional de Formación de Educadores. El plan de estudios era para la formación de profesor de I y II ciclo, profesor de III ciclo y profesorado especializado y comprendía tres áreas la cultural, la didáctica y la específica. Sin embargo, el proyecto presentado por Gámez en setiembre de 1972 había cambiado el objetivo y ahora se planteaba una institución con un espectro de formación más diverso que permitiera recibir a la cantidad de graduados de secundaria que no podían cursar estudios universitarios y que atendiera a las poblaciones con menos recursos económicos. Además de la formación pedagógica se aspiraba a la formación de profesionales en otras áreas, partiendo de una visión humanista y cultural. El señor Daniel Oduber Quirós, acogió el proyecto y junto con otros diputados de la bancada liberacionista apoyaron e impulsaron el proyecto para la creación de la Universidad Nacional el 13 de febrero de 1973.

El presbítero Benjamín Núñez Vargas fue el designado para encabezar el proceso de organización de la nueva universidad, a través de la creación de una Comisión Ad hoc, su trayectoria como líder social y religioso y conocedor de las problemáticas que aquejaban a los más necesitados, le permitieron ejercer el papel con liderazgo y la convicción que se requería. La estructura organizativa debía vincularse con el plan de desarrollo nacional, de manera que la institución a través de la oferta académica, investigación y extensión debía generar aportes para el análisis y solución de las problemáticas nacionales. El otro reto era la creación de una estructura interna de la institución que permitiera responder a los principios con que fue creada. En un plazo de 24 meses se debía cumplir con el cometido, pero de forma simultánea la institución debía empezar a funcionar, ese doble reto bajo el liderazgo del presbítero Núñez Vargas se logró. El modelo de organización definido para la institución respondió en gran medida a los planteamientos acerca del papel de la universidad en el contexto latinoamericano a finales de la década de los sesenta e inicios de los sesenta, en el cual la universidad debía estar al servicio de las clases menos favorecidas y contribuir al  desarrollo económico y social. El liderazgo del presbítero Núñez Vargas fue evidente que acogió y desarrolló los postulados de la “universidad necesaria” para la organización de la institución que se ratificaron en la creación del primer estatuto orgánico.